edu.mssm.crover.tools.blast.parsers.xml.v1
Class BlastOutput

java.lang.Object
  |
  +--edu.mssm.crover.tools.blast.parsers.xml.v1.BlastOutput

All Implemented Interfaces:

java.io.Serializable

public class BlastOutput

extends java.lang.Object

implements java.io.Serializable

Version:

$Revision: 1.3 $ $Date: 2002/12/09 17:46:51 $

See Also:

Serialized Form

Constructor Summary

BlastOutput()

Method Summary

java.lang.String	getBlastOutput_Db()
BlastOutput_Hits	getBlastOutput_Hits()
java.lang.String	getBlastOutput_IterNum()
java.lang.String	getBlastOutput_Message()
BlastOutput_Param	getBlastOutput_Param()
java.lang.String	getBlastOutput_Program()
java.lang.String	getBlastOutput_QueryDef()
java.lang.String	getBlastOutput_QueryID()
java.lang.String	getBlastOutput_QueryLen()
java.lang.String	getBlastOutput_QuerySeq()
java.lang.String	getBlastOutput_Reference()
BlastOutput_Stat	getBlastOutput_Stat()
java.lang.String	getBlastOutput_Version()
boolean	isValid()
void	marshal(org.xml.sax.DocumentHandler handler)
void	marshal(java.io.Writer out)
void	setBlastOutput_Db(java.lang.String blastOutput_Db)
void	setBlastOutput_Hits(BlastOutput_Hits blastOutput_Hits)
void	setBlastOutput_IterNum(java.lang.String blastOutput_IterNum)
void	setBlastOutput_Message(java.lang.String blastOutput_Message)
void	setBlastOutput_Param(BlastOutput_Param blastOutput_Param)
void	setBlastOutput_Program(java.lang.String blastOutput_Program)
void	setBlastOutput_QueryDef(java.lang.String blastOutput_QueryDef)
void	setBlastOutput_QueryID(java.lang.String blastOutput_QueryID)
void	setBlastOutput_QueryLen(java.lang.String blastOutput_QueryLen)
void	setBlastOutput_QuerySeq(java.lang.String blastOutput_QuerySeq)
void	setBlastOutput_Reference(java.lang.String blastOutput_Reference)
void	setBlastOutput_Stat(BlastOutput_Stat blastOutput_Stat)
void	setBlastOutput_Version(java.lang.String blastOutput_Version)
static BlastOutput	unmarshal(java.io.Reader reader)
void	validate()

Methods inherited from class java.lang.Object

clone, equals, finalize, getClass, hashCode, notify, notifyAll, toString, wait, wait, wait

Constructor Detail

BlastOutput

public BlastOutput()

Method Detail

getBlastOutput_Db

public java.lang.String getBlastOutput_Db()

getBlastOutput_Hits

public BlastOutput_Hits getBlastOutput_Hits()

getBlastOutput_IterNum

public java.lang.String getBlastOutput_IterNum()

getBlastOutput_Message

public java.lang.String getBlastOutput_Message()

getBlastOutput_Param

public BlastOutput_Param getBlastOutput_Param()

getBlastOutput_Program

public java.lang.String getBlastOutput_Program()

getBlastOutput_QueryDef

public java.lang.String getBlastOutput_QueryDef()

getBlastOutput_QueryID

public java.lang.String getBlastOutput_QueryID()

getBlastOutput_QueryLen

public java.lang.String getBlastOutput_QueryLen()

getBlastOutput_QuerySeq

public java.lang.String getBlastOutput_QuerySeq()

getBlastOutput_Reference

public java.lang.String getBlastOutput_Reference()

getBlastOutput_Stat

public BlastOutput_Stat getBlastOutput_Stat()

getBlastOutput_Version

public java.lang.String getBlastOutput_Version()

isValid

public boolean isValid()

marshal

public void marshal(java.io.Writer out)
             throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,
                    org.exolab.castor.xml.ValidationException

Parameters:

out -

org.exolab.castor.xml.MarshalException

org.exolab.castor.xml.ValidationException

marshal

public void marshal(org.xml.sax.DocumentHandler handler)
             throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,
                    org.exolab.castor.xml.ValidationException

Parameters:

handler -

org.exolab.castor.xml.MarshalException

org.exolab.castor.xml.ValidationException

setBlastOutput_Db

public void setBlastOutput_Db(java.lang.String blastOutput_Db)

Parameters:

blastOutput_Db -

setBlastOutput_Hits

public void setBlastOutput_Hits(BlastOutput_Hits blastOutput_Hits)

Parameters:

blastOutput_Hits -

setBlastOutput_IterNum

public void setBlastOutput_IterNum(java.lang.String blastOutput_IterNum)

Parameters:

blastOutput_IterNum -

setBlastOutput_Message

public void setBlastOutput_Message(java.lang.String blastOutput_Message)

Parameters:

blastOutput_Message -

setBlastOutput_Param

public void setBlastOutput_Param(BlastOutput_Param blastOutput_Param)

Parameters:

blastOutput_Param -

setBlastOutput_Program

public void setBlastOutput_Program(java.lang.String blastOutput_Program)

Parameters:

blastOutput_Program -

setBlastOutput_QueryDef

public void setBlastOutput_QueryDef(java.lang.String blastOutput_QueryDef)

Parameters:

blastOutput_QueryDef -

setBlastOutput_QueryID

public void setBlastOutput_QueryID(java.lang.String blastOutput_QueryID)

Parameters:

blastOutput_QueryID -

setBlastOutput_QueryLen

public void setBlastOutput_QueryLen(java.lang.String blastOutput_QueryLen)

Parameters:

blastOutput_QueryLen -

setBlastOutput_QuerySeq

public void setBlastOutput_QuerySeq(java.lang.String blastOutput_QuerySeq)

Parameters:

blastOutput_QuerySeq -

setBlastOutput_Reference

public void setBlastOutput_Reference(java.lang.String blastOutput_Reference)

Parameters:

blastOutput_Reference -

setBlastOutput_Stat

public void setBlastOutput_Stat(BlastOutput_Stat blastOutput_Stat)

Parameters:

blastOutput_Stat -

setBlastOutput_Version

public void setBlastOutput_Version(java.lang.String blastOutput_Version)

Parameters:

blastOutput_Version -

unmarshal

public static BlastOutput unmarshal(java.io.Reader reader)
                             throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,
                                    org.exolab.castor.xml.ValidationException

Parameters:

reader -

org.exolab.castor.xml.MarshalException

org.exolab.castor.xml.ValidationException

validate

public void validate()
              throws org.exolab.castor.xml.ValidationException

org.exolab.castor.xml.ValidationException